Дело в том, что в Ren'py по умолчанию только два шрифта можно легко объединить в один, а если уже несколько, то там они пересекаются и получается кавардак, что либо один шрифт не видно, либо другой. К счастью, нашла на сайте движка, как это делается, вот такой код у меня работает - сразу объединила и английский, и японский и русский шрифт (это в файле с опциями)

  style.default.font = FontGroup().add("Англ_шрифт.ttf", 0x0020, 0x007f).add("Русский_шрифт.ttf", 0x0400, 0x04ff).add("Японский_шрифт.ttf", 0x0000, 0xffff)

Как я поняла, дело в том, что в каждом шрифте символы берутся из разных диапозонов. И нужно знать, шрифт из какой группы вы используете. Подробнее про это можете почитать тут, если интересно, а также есть топик на форуме, там правда не русский, но похожая проблема была у человека.