“ >>Судя по всему, проник через троян у меня на компе и как-то перехватил пароль для доступа к фтп, и потом, получив доступ, загрязнил сайт до основания.
Слишком сложно для вируса, это уже домыслы из разряда голливудских фильмов. В PHP много дыр, очевидно, нашли и использовали одну из них: http://stackoverflow.com/questions/5922762/eval-base64-decode-php-virus ”